به گزارش رجانیوز، دی ماه 1384 بود که رهبر انقلاب خطاب به اعضای شورا تصریح کردند: «بنده با شما پیش خداى متعال احتجاج خواهم کرد و به پروردگار خواهم گفت من بهترین کسانى را که مناسب این کار مى‏شناختم، در این شورا جمع کردم؛ شما به خداى متعال باید جواب بدهید؛ هرچه که فکر مى‏کنید باید پیش خداى متعال گفت، آن را بیان کنید و به فکرش باشید.»

عدم انسجام و كارآمدي اولا در تركيب و بافت شورا و ثانیا در فرآيند تصميم‌گيري و راي‌گيري‌ها و ثالثا در ضمانت اجرا و اختيارات واقعي شورا که امكان برآوردن مطالبات رهبري و نیز نخبگان دانشگاه و حوزه و پيگيري ضرورت‌هاي كنوني انقلاب و كشور را با مانع مواجه می‏کند، از دلایل استعفای حسن رحیم‏پور ازغدی برشمرده شده است.

شکل‏گیری موج انقلاب فرهنگی به ‏حدود سال‏های 59 باز می‏گردد. در آن سال‏ها قرار بود تحولی اساسی در فرهنگ کشور و کانون اصلی فرهنگی و اندیشه‏ای یعنی دانشگاه‏ها رخ دهد. آن سال‏ها خیلی چیزها محور انتقاد انقلابیون قرار داشت که از آن جمله می توان به وجود دروس و سرفصل‏های مغایر با مبانی دینی در دانشگاه‏ها و نیز حضور و شبهه‏افکنی گروهک‏های کمونیست در دانشگاه‏ها اشاره کرد.

صدور پيام نوروزي امام راحل در اول فروردين 1359 در واقع موضوع انقلاب فرهنگی را جدیت بخشید. امام راحل در این پیام نوروزی وضعیت دانشگاه‎ها را نیز مورد اشاره قرار داده بودند. در این پیام بر ضرورت ايجاد "انقلاب اساسي در دانشگاه‏ هاي سراسر كشور"، "تبديل دانشگاه به محيطي سالم براي تدوين علوم عالي اسلامي" و "تصفيه اساتيد مرتبط با شرق و غرب» تاکید شده بود.

کمی بعد از اوج‏گیری انقلاب فرهنگی و تعطیل شدن دانشگاه‏ها، ستاد انقلاب فرهنگی شکل گرفت و در آن چهره‏هایی نظیر حجت‌الاسلام محمد جواد باهنر، عبدالکریم سروش، دکتر حسن حبیبی، دکتر علی شریعتمداری، آیت الله مهدی ربانی املشی، شمس آل احمد و جلال الدین فارسی گرد هم آمدند. اگر چه هدف انقلاب فرهنگی، انقلابی در تمامی شئون فرهنگی کشور بود، اما بیش از همه فعالیت ستاد در امور آموزشی و مدارس و دانشگاه‏ها خلاصه شد. تربيت استاد و گزينش افراد شايسته براي تدريس در دانشگاه‏ ها، گزينش دانشجو، اسلامي كردن جو دانشگاه‏ ها و تغيير برنامه‏ هاي آموزشي دانشگاه‎ها، از جمله اهداف ستاد برشمرده می‏شد.

کمی بعد و به واسطه کاستی‏هایی که در ستاد انقلاب فرهنگی و خصوصا کمیته علوم انسانی این ستاد مشاهده شد، امام دستور دادند مسئولین وقت دست به سوی حوزه‏های علمیه دراز کنند و علوم اسلامی را از حوزه طلب نمایند. این گونه بود که در حدود سال‏های 61 دفتر همکاری حوزه و دانشگاه شکل گرفت تا در جلسات متعدد اساتیدی از قم و دانشگاه در همایش‏ها و گردهمایی‏های چند ده روزه با محوریت آیت الله مصباح یزدی گرد هم آیند.

غرض تحول در فرهنگ کشور بود. مردم و نخبگان دریافتند دانشگاه و علوم دانشگاهی در نسبت با فرهنگ کشور جایگاهی مبنایی و ریشه‏ای دارد. متوجه دانشگاه شدند و حضور گروهک‏ها هم این توجه را بیش از پیش موضوعیت بخشید. و به این ترتیب با دستور امام راحل و پیشنهاد موسسه در راه حق، دفتر همکاری حوزه و دانشگاه شکل گرفت تا با پی ریزی متون اسلامی و دروس برآمده از فرهنگ دینی، کم کم زمینه‏های ایجاد تمدنی نوین فراهم آید.

در آن مقطع تلاش‏هایی صورت پذیرفت که البته به واسطه عدم وجود قضاوت و نگرش یکسان در سطح ستاد و نیز عدم همکاری‏ها کمی که گذشت این همه کمرنگ‏تر شد. از طرف دیگر انقلابیون دریافتند این تحول جدی و مبنایی نیازمند زمان بیشتری است و نمی‏توان دانشگاه‏ها را تعطیل نگاه داشت. این گونه بود که دانشگاه‏ها بازگشایی شد، استاتیدی که در دفتر همکاری گرد هم آمده بودند با اندیشه‏های نوین خود به دانشگاه بازگشتند و ستاد هم با اضافه شدن اعضایی از دولت، به شورای عالی انقلاب فرهنگی تغییر عنوان داد.

قرار نبود انقلاب فرهنگی تمام شود. انقلاب فرهنگی صرفا محدود به یک مقطع زمانی خاص بین سال‏های 59 تا 62 نبود. قرار بود همان روندی که آغاز شده به صورت همزمان با بازگشایی دانشگاه پی گرفته شود و شورای عالی هم همان اهداف والای ستاد را البته در سطحی گسترده‏تر پی بگیرد.

با این همه اما مثل بسیاری از نهادهای انقلابی که بعد از انقلاب کم‏کم به نهادهایی بروکراتیک و بی‏فایده تقلیل یافتند، شورای عالی نیز از کارآمدی‏اش کاسته شد. سیر مصوبات شورا به موضوعاتی اختصاص یافت که در جایگاه شورای عالی انقلاب فرهنگی با این عنوان درخور توجه نبود. تصویب و اصلاح جزئیات بندهای آیین‏نامه‏ها و اساسنامه‏ها و تایید انتخابات و انتصابات و خلاصه مصوباتی صد در صد اداری به دستور کار شورایی فرهنگی تبدیل شد.

از سوی دیگر نهادها و مجموعه‏های مختلفی در سطح کشور با عنوان پژوهشگاه و پژوهشکده و مرکز مطالعات و... همان روند دفتر همکاری را به صورت جسته و گریخته ادامه دادند. کتاب‏های زیادی در زمینه فلسفه علوم مختلف(فلسفه مضاف) تدوین شد. اما از آنجا که شورای عالی به عنوان نهاد متکفل گردآوری همه این تلاش‏ها در جایگاه واقعی خود قرار نداشت، این همه تلاش راه به جایی نبرد و حتی حاصل این همه پژوهش و نوشتن‏ها زمینه ورود به دانشگاه‏ها را پیدا نکرد.

با چنین شرایطی بود که با نامه نخبگان و اساتید به رهبر انقلاب در سال 84 بحث کرسی‏های نظریه‏پردازی پیش کشیده شد تا بلکه دیالوگ برقرار شدن بین اساتید علوم انسانی اسلامی و غربی بتوان گره از این دوگانگی برزگ در کشور بگشاید و در فضای آزاد تفکر راه را به سوی نقد بافته‏های ترجمه شده غرب بگشاید. اما متاسفانه باز هم شورای عالی انقلاب فرهنگی در این زمینه کارنامه واجد قبولی ارائه نداد.

بعد از فتنه 88 رهبر انقلاب به صراحت بار دیگر همان آرمان بلند انقلاب فرهنگی را مطرح کردند و حتی ریشه بسیاری از انحرافات را نیز در علوم انسانی دانستند. ایشان در قم نیز فرمودند:«اينكه بنده درباره‌ى علوم انسانى در دانشگاه‌ها و خطر اين دانشهاى ذاتاً مسموم هشدار دادم - هم به دانشگاه‌ها، هم به مسئولان - به خاطر همين است. اين علوم انسانى‌اى كه امروز رائج است، محتواهائى دارد كه ماهيتاً معارض و مخالف با حركت اسلامى و نظام اسلامى است؛ متكى بر جهان‌بينى ديگرى است؛ حرف ديگرى دارد، هدف ديگرى دارد. وقتى اينها رائج شد، مديران بر اساس آنها تربيت ميشوند؛ همين مديران مى‌آيند در رأس دانشگاه، در رأس اقتصاد كشور، در رأس مسائل سياسى داخلى، خارجى، امنيت، غيره و غيره قرار مي‏گيرند.»

ایشان در مورد وظیفه حوزه‏های علمیه فرمودند:«حوزه‌هاى علميه و علماى دين پشتوانه‌هائى هستند كه موظفند نظريات اسلامى را در اين زمينه از متون الهى بيرون بكشند، مشخص كنند، آنها را در اختيار بگذارند، براى برنامه‌ريزى، براى زمينه‌سازى‌هاى گوناگون. پس نظام اسلامى پشتوانه‌اش علماى دين و علماى صاحب‌نظر و نظريات اسلامى است؛ لذا نظام موظف به حمايت از حوزه‌هاى علميه است، چون تكيه‌گاه اوست.»

ذیل شورای عالی انقلاب فرهنگی البته کمیته‏ها و شوراهایی تشکیل شد با کارویژه‏های مختلف. در زمینه علوم انسانی نیز کمیته‏ای برای تحول در این حوزه شکل گرفت. در حوزه فرهنگ عمومی نیز شورای فرهنگ عمومی سامان داده شد و به همین ترتیب انواع و اقسام شوراها و کمیته‏ها بعضا حتی با اعضای مشترکی که فرصت کافی نیز نداشتند، ایجاد گردید. تلاش‏های زیادی البته شد که نمی‏توان و نباید این تلاش‏ها را نادیده گرفت ولی آنچه با عنوان انقلاب فرهنگی از شورای عالی انتظار می‏رفت به کلی در میان مصوبات اداری بی‏حاصل فراموش شد.

اکنون در چنین شرایطی به نظر می‏رسد شورای عالی بیش از آنکه یک نهاد انقلابی باشد، یک نهاد بروکراتیک است. برای تغییر وضعیت کنونی و تحقق واقعی اهداف و آرمان‏های انقلاب فرهنگی نیازمند مجموعه‏ای انقلابی هستیم که اعضای آن انقلاب فرهنگی دوم را دستور کار اصلی خود بدانند و تحول جدی در فرهنگ کشور را به گونه‏ای انقلابی پیگیری كنند.

به نظر می‏رسد به اندازه کافی در بسیاری از حوزه‏های فرهنگی شعار داده شده است، هم در فرهنگ عمومی و هم در فرهنک تخصصی. هر بار موضوعی برای مدتی کوتاه توجه‏ها را به خود جلب می‏کند و چندی بعد کاملا به فراموشی سپرده می‏شود. موضوع حجاب در حوزه فرهنگ عمومی و موضوع علوم انسانی در حوزه فرهنگ تخصصی چنین حالتی دارند. به نظر می‏رسد اکنون عهد شعار به پایان رسیده و بایست به حال وضعیت شورای بروکراتیک عالی انقلاب فرهنگی فکری اساسی و بنیادی کرد. با این وضعیت نه از نامگذاری دهه پیشرفت و عدالت چیزی حاصل می‏شود و نه از الگوی پیشرفت اسلامی.