اما بارزترین شکست‌های امنیتی و تروریستی که موساد در پرونده سیاه خود دارد و آن را تحت فشار قرار داده و حتی سهم بسزایی در انزوای رژیم صهیونیستی و ایجاد بحران در روابط آن با همپیمانانش داشته، بطور اختصار به شرح زیر است:

1- در ماه ژوئیه سال 1973 میلادی ؛ موساد در خطایی بزرگ یک پیشخدمت مغربی را در تفرجگاه زمستانی "لیلیهامر" نروژ به گمان اینکه وی "ابوحسن سلامه" مسئول فلسطینی در سازمان "سپتامبر سیاه" است، ترور کرد. بعداز این اقدام تروریستی، مقامات نروژی تعدادی از عناصر و مزدوران موساد را بازداشت و سه تن از آنها را به اتهام مشارکت در این عملیات تروریستی ناکام به زندان محکوم کردند.

2- در ماه اوت سال 1973 میلادی؛ برپایه اطلاعات اشتباهی که موساد ارائه کرد، یک هواپیمای جنگنده اسراییلی، هواپیمای مسافربری خطوط هوایی لیبی را تعقیب و آن را مجبور کرد در فرودگاه تل آویو به زمین بنشیند.
موساد اعلام کرده بود که "جرج حبش" رهبر جبهه خلق برای آزادی فلسطین، از مسافران این هواپیماست اما بعد مشخص شد که هیچ‌یک از مسئولان مقاومت فلسطین در بین مسافران هواپیمای لیبیایی نبوده است.
این شکست اطلاعاتی و امنیتی موساد بحرانی بزرگ در رژیم صهیونیستی ایجاد کرد.

3- در ماه نوامبر سال 1985 میلادی؛ مقامات آمریکایی "جاناتان بولارد" یک شهروند آمریکایی را به اتهام جاسوسی و مزدوری برای اسراییل بازداشت کردند. بولارد که به عنوان مهندس در نیروی دریایی آمریکا کار می‌کرد، اسناد و اطلاعات سری و حساس را در اختیار دستگاه‌های امنیتی اسراییل قرار می‌داد. دادگاه آمریکایی در سال 1987، بولارد را به زندان ابد محکوم کرد اما در نیمه دهه نود میلادی، اسراییل به او شناسنامه اسراییلی داد و پس از آن، مقامات آمریکایی را برای آزادی بولارد تحت فشار گذاشت.

4- در ماه آوریل سال 1991 میلادی؛ پلیس قبرس 4 عضو موساد را که تلاش داشتند دستگاه‌های شنود در سفارت ایران در نیکوزیا نصب کنند را بازداشت کرد. مقامات قبرسی دو هفته بعد براساس توافقی با تل‌آویو، این چهار عضو موساد را آزاد کردند.

5- در ماه ژانویه سال 1997 میلادی؛ مقامات رژیم صهیونیستی سرانجام جاسوس بارز موساد به نام "یهودا جیل" را که توانسته بود شماری از این مقامات را برای سالهای طولانی با اطلاعات و گزارش‌های گمراه کننده و آکنده از دروغ بفریبد، بازداشت کردند. یهودا جیل در گزارش‌هایش مدعی شده بود که سوریه قصد تجاوز و حمله به اسراییل را دارد در صورتی که دمشق اصلاً چنین نیتی نداشت.
این گزارش‌های ساختگی، سوریه و اسراییل را در اواسط دهه نود میلادی دو بار در آستانه جنگ قرار داد که یکی از آنها در تابستان سال 1996 بود. از ماجرای جیل به عنوان رسوایی بزرگ دستگاه جاسوسی موساد یاد شده است.

6- در سپتامبر سال 1997 میلادی؛ بزرگترین شکست موساد در امان پایتخت اردن رقم خورد و آن هنگامی بود که اعضای موساد تلاش کردند با تزریق آمپول حاوی سم به گوش " خالد مشعل" رییس دفتر سیاسی حماس، او را بکشند تا طوری وانمود شود که مشعل به مرگ طبیعی فوت کرده است.
اگرچه این عملیات تروریستی لو رفت و دو عضو موساد بازداشت شدند اما خشم "حسین بن طلال" پادشاه وقت اردن را برانگیخت و او با تسلیم دو عضو موساد به اسراییل تنها مشروط به معذرت‌خواهی تل‌آویو، آزادی شیخ احمد یاسین از موسسان جنبش حماس و تحویل پادزهر سم برای نجات جان مشعل که به حالت اغما رفته بود، موافقت کرد.